漢他病毒症候群屬於人畜共通傳染病，傳染途徑係經由吸入鼠類分泌物或排泄物、接觸遭病毒污染的空氣或物體、被帶病毒之齧齒類動物咬傷等方式感染，因此預防方法主要是防鼠，並避免接觸到鼠類及其排泄物與分泌物。請各局處所屬人員執行環境清消及滅鼠過程，參酌以下自身防護措施，以確保安全：
(一)若發現鼠跡，勿直接使用掃帚或吸塵器清理鼠類糞便、尿液或巢穴，避免引起灰塵飛揚，增加吸入病毒機會，清理者應佩戴口罩、塑膠或橡膠手套及鞋套，以市售漂白水1：9稀釋後潑灑於可能被污染之環境，待消毒作用5分鐘後，以拋棄式紙巾、抹布或舊報紙清理。
(二)發現鼠屍，清理者應佩戴口罩、塑膠或橡膠手套及鞋套，以市售漂白水1：9稀釋後潑灑於鼠屍上，待消毒作用5分鐘後，置入雙層塑膠袋密封後再丟棄。
(三)鼠跡或鼠屍清理完畢後於脫手套前，應先以肥皂和水或市售漂白水1：9稀釋後洗手套再脫去手套，然後再用肥皂和水澈底清洗雙手。